Si, eso es muy jodido xD
Yo lo solucioné, pero no queda del todo bien.
Si te fijas bien, esos 3 tiles raros que aparecen porque sí están en el mismo orden del tileset.
Con esto quiero decir, que en el rectangulo que tienes a la derecha a la hora de mapear, te salen esos 3 tiles uno encima del otro, tal cual aparece.
¿Cómo lo solucione yo?
Edité esos 3 tiles en el editor de bloques y les puse los que quería que aparecieran.

Es raro de explicar, intentalo, y si no te sale, mandame un mensaje y te ayudo más a fondo ^^