Tio, quieres trabajar en mi hack? estoy haciendo exactamente lo mismo que tu estás diciendo XD. Las medallas las voy a hacer como tu bien has dicho objetos clave.

Para crear objetos hay una herramienta, Itemeditor o algo asi me suena, que puedes editar crear y hacer de todo, solo necesitas la imagen de la medalla practicamente.
Para eliminar las medallas de la ficha de entrenador, vas a tener que cambiar la imagen de la ficha de entrenador, y quitar en esta imagen los huecos de las medallas, por si no recuerdas las flags 0x820 0x821 0x822.. son las que te dan las medallas, al activar una de estas se activa la imagen de la medalla sobre tu trainercard, así que con modificar la traienrcard para quitar los huecos y no usar nunca esas flags está hecho.