Primero que nada cabe mencionar que utilizaremos el Switch 112 para que pueda funcionar. de esa manera cada vez que quieras activar la transición para determinados entrenadores deberás activar el switch 112 para que funcione.

Bueno Buscaremos en nuestro editor de Script la seccion PokeBattle_Battle y buscaremos alrededor de la linea 1212 donde se encuentra la siguiente linea

@scene.pbTrainerSendOut(index,pokemon)

Justo después de esa linea de texto colocaremos lo siguiente

if $game_switches[112] and pbPokemonCount(@party2)==1
@scene.pbShowOpponent(0)
pbBGMPlay("GymLastPKMN",100,100)
pbDisplayPaused(_INTL("Ah ha ha! It itches! It itches!"))
@scene.pbHideOpponent
end

A Continuaciónexplicare las partes del código

#Si el switch 112 y los pokemon que le resten al oponente son igual a 1 el script se ejecuta
if $game_switches[112] and pbPokemonCount(@party2)==1
#Muestra al oponente
@scene.pbShowOpponent(0)
#Reproduce la cancion predeterminada la cancion debe de llamarse GymLastPKMN o si lo prefieren pueden cambiarle el nombre aquí
pbBGMPlay("GymLastPKMN",100,100)
#Reproduce el mensaje que dira el entrenador una vez mas puede ser cambiado al mensaje que deseen
pbDisplayPaused(_INTL("Ah ha ha! It itches! It itches!"))
#desaparece al entrenador para que así pueda continuar la batalla.
@scene.pbHideOpponent
end

Cabe resaltar que si deseamos que dos entrenadores tengan el mismo evento deberemos copiar ese codigo una vez mas para cada entrenador esto por la linea
[SPOILER="Ejemplos"]
Ejemplos:

if $game_switches[112] and pbPokemonCount(@party2)==1
@scene.pbShowOpponent(0)
pbBGMPlay("GymLastPKMN",100,100)
pbDisplayPaused(_INTL("Achis, Achis Los Mariachis"))
@scene.pbHideOpponent
end

if $game_switches[112] and pbPokemonCount(@party2)==1
@scene.pbShowOpponent(0)
pbBGMPlay("GymLastPKMN",100,100)
pbDisplayPaused(_INTL("Esto lo pagaras caro"))
@scene.pbHideOpponent
end

1)Para que el evento funcione devemos de activar el Switch 112 en algun evento antes de la batalla o en el mismo evento.

2)No olviden desactivar el Switch luego de que acabe la batalla para evitar que todos los entrenadores tengan esa transicion.

3)El Switch 112 es solo para propositos ilustrativos pueden usar el switch que deseen

4)Deberemos Utilizar un switch distinto para cada Entrenador, Esto se puede arreglar colocando otra linea de codigo que todavia no esta investigada gracias a Rodrigo Jácome por la linea de codigo.