Variables
Las variables son lo mismo, pero se utiliza en un Script de Gatillo.
Por lo que sé, las variables tienen dos comandos, el Compare, que tiene el mismo fin del Checkflag, sirve para saber si la Var está activada, también le sigue el If si no me equivoco....
También se usa el Setvar 0xValor, tiene el mismo fin del Setflag, el cual desactiva o activa una flag, lo unico diferente es que aqui se cambia un valor.

Cabe destacar que el script SetFlag/Var se puede usar cuando quieras, es decir, si quiero un script donde haya un paso bloqueado, con la variable 40FF, y yo quiero que luego de la Liga ese paso sea habilitado, solo debo agregar el SetVar 0x40FF 0x1

En ésto te equivocas colega... Es más complejo que eso, puedes leerte mi tutorial para entenderlo mejor. Las variable pueden contener valores son como "alcancías", y puedes sumar y restar con sus valores para hacer distintas cosas... :)