Sí que existe esa herramienta, aunque cuesta encontrarla porque es del Team Snag'em, y la mayoría de sus herramientas han desaparecido de la red. Yo misma no la encontraba por ningún sitio, hasta que me descargué el pack de herramientas de SuperHacker:

http://wahackforo.com/t-HackTools-1-0-by-SuperHacker-XL

Ahí os viene esa herramienta =) Eso sí, creo (aunque aún no la he usado) que sólo permite editar el orden en la Pokédex Nacional: pero va bien igual, porque la mayoría de hacks ya no usan la Pokédex de Hoenn...

PS: por cierto, este tema ya se había tratado anteriormente en el foro, aunque no se llegó a ninguna conclusión: http://wahackforo.com/t-Pokedex-Order-Editor-para-Ruby-Zafiro