Esta historia comienza con el final de otra, tu eres un chico/chica que lograste ser maestro Pokemon, vencer al alto mando, salvar al mundo de un legendario y demantelar una peligrosa organización malvada. Creciste, te casaste, tuviste hijos, te mudaste a Johto te retiraste de los Pokemon, tuviste un nieto. Ahora que eres un Anciano te dedicas a ir al monte con tu nieto para entranarlo y enseñarle la conexión con los Pokemon. Pero al volver a la casa, encuentras a tu familia muerta. El equipo ha renacido de las cenizas. Reclutan a tu nieto y te dejan abandonado como lastre. Ahora debes desempolvar tus viejas pokeballs y lanzarte a buscar ¡Venganza!