1) Cambiar Iniciales y Trades

2) Hacer Mapeados

3) Modificar Tilesets

4) Cambiar las warps y los eventos

5) Editar Pokemones salvajes

6) Editar Entrenadores y Pokemon

7) Editar la música de los Mapas

8) Agregar nuevos Pokemones

9) Editar textos

10) Modificar Pokemones

11) Modificar ataques

12) Editar Scripts

13) Editar Intro.

Bueno, existe dicha herramienta llamada StartED, que modifica los Pokémon Iniciales de Gold/Silver/Crystal.
Cuando los modificas, en el juego te quedará para empezar, es como cambiar los iniciales de los Hacks GBA.

Bien, usan el StartED, abren una rom (Gold, Silver o Crystal), y luego tendrán para cambiar los iniciales y el nivel del Pokémon, lo editan y van a Save Rom, ahí se guardará.
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Los trades ya sabrán lo que significa, pero para los novatos les digo que los trades son los intercambios de Pokémon, y puedes editarlos con TradeEd, una herramienta para cambiar los Pokémon que intercambias con otra persona.

Para cambiar los trades, abres el TradeED, abres la rom (Gold, Silver o Crystal), y seleccionas en donde están los Trade Numbers (Trade Number 1, Trade Number 2, Trade Number 3, Trade Number 4, Trade Number 5, Trade Number 6 y Trade Number 7. Ahí seleccionan cualquiera de ellos, y les aparecerá para cambiar.

Offered Pokémon: El Pokémon que te ofrece el entrenador para cambiar.

Original Trainer: El nombre del entrenador con el que vas a cambiar el Pokémon.

Your Pokémon: El Pokémon que quieres tener para cambiarlo con por el otro.

Nickname: El mote que tendrá el Pokémon que cambiarás, por ejemplo, el Onix que cambias en Ciudad Malva se llama Rocky, y a ese nombre le puedes cambiar por otro.

A las IPs no les diré porque aseguro que no se deberá cambiar...