[SPOILER="El origen de los guardianes"]
[7000 años atrás de la parte jugable de la historia]
Inicialmente la tierra era poblada solo por los humanos, pero un día en una región remota [actualmente la región lithium] caracterizado por tener una gran inestabilidad debido a volcanes, la erupción de un volcán fue tan extrema que causo una ruptura entre dimensiones abriendo paso a los Pokemón hacia la tierra, ambas especies Pokemón y humanos por naturaleza eran violentas y esto conllevo a una guerra devastadora que tardo varios años.
Tras estos eventos, aparecieron 5 Pokemón de la nada (Ho oh, Dialga, Lugia, Giratina y Darkray) pero a diferencia de los otros tenían la habilidad de comunicarse con los humanos y designaron a una familia para formar una alianza entre humanos y Pokemón y llegar a la paz. Los 5 Pokemón fueron conocidos como Pokemón legendarios y la familia como guardianes Pokemón, se estableció conservar la paz y armonía entre Pokemón y humanos y desde aquel día, cada vez que el equilibrio se rompía los Pokemón legendarios y los guardianes Pokemón acudían a cumplir su deber, para conservar la paz.

[20 años atrás de la parte jugable de la historia]
Años atrás en la región lithium surgió un equipo bajo el nombre Dark, su objetivo era crear una especie de Pokemón superior a todas las conocidas, pero su intención era crearlo para matar y cometer fechorías, en el intento de llevar a cabo su plan dejaron muchas víctimas, pero se encontraron con alguien que los detendría era Corey [padre del prota] junto a su Pokemón Legendario Darkray , el equipo Dark requería una gran fuente de energía para lograr finalizar su plan y que mejor que el gigantesco volcán de la región, Corey lucho solo contra el equipo Dark, la batalla causo que el suelo del volcán se rompiera y todos Corey y el quipo Dark junto a su malvado experimento cayeron y desaparecieron en la ardiente lava [esto explica porque en Pkm Dark Forest solo aparecerán 4 Pokemón legendarios]

[17 años atrás de la parte jugable de la historia]
El profesor Mick junto a su mejor amigo Thompson encuentran algunos archivos sobre los experimentos realizados por el equipo Dark para crear una súper especie Pokemón, tras leer detenidamente los archivos encuentran los experimentos no son del todo malos.
Descubren posibilidades de alterar el ADN de los Pokemón para logar clonaciones, cambios de tipo, fusiones, entre otros. En los documentos ven la advertencia de que al hacer esto como resultado los Pokemón se vuelven extremadamente violentos y incontrolables.
Inician los experimentos creyendo que n tendrán ningún problema, tras meses de trabajo obtienen su primer resultado un tras mesclar un charmeleon con un Flareon, pero este Pokemón ataca y hiere a varias personas presentes en el laboratorio, intenta escapar y la única forma de detenerlo es causarle la muerte, tras este suceso se decide abandonar el proyecto y olvidarlo por completo.

"]
[Parte jugable de la historia]
Eres un chico de 15 años, que al contrario de cualquier otro chi@ a abandonado el sueño de obtener un Pokemón e ir a vivir aventuras junto a él, todo esto debido a hechos oscuros de tu pasado.
Un día tras tener un extraño sueño con 4 pokemón legendarios, una cadena de hechos difíciles de entender te obligaran a dejar la idea de nunca aventurarte con un Pokemón, después del sueño repentinamente te enteras de que eres descendiente de la familia de guardianes Pokemón y que tendrás que salvar al universo de un gran riesgo y como guardián Pokemón es tu obligación.
El intento del profesor Thompson por retomar los antiguos experimentos termina en un gran desastre, el profesor Thompson al ver esto intenta controlar la situación, al estar cerca de controlarlo, un equipo que se hace llamar equipo apocalipsis lo obliga a continuar los experimentos y trabajar para ellos, en medio de la ambición crean algo que jamás debió haber existido, pero necesitan algo para completarlo, tendrás que detenerlos antes de que logren completar y den vida a lo que sea que hayan creado.

"]
[5 años atrás de la parte jugable de la historia]
5 años atrás el profesor Mick te regalo Growlithe, lo cuidas y entrenas y se vuelven muy buenos amigos, un día tras un duro entrenamiento tu Pokemón esta débil, y decides ir a comprar una poción, al regresar a casa un ladrón esta asaltando la casa, con el Android de un amigo llamas a la policía, al llegar la policía rodean la casa y el ladrón actuando bajo la presión toma rehenes y cruelmente asesina a tu Growlithe ante tus ojos, esto deja marcada tu mente y juras jamás volver a involucrarte en algo que tenga que ver con Pokemóns.

"]
[7 meses antes de la parte jugable de la historia]
El profesor Thompson retoma las investigaciones sobre modificación de Pokemóns, creyendo que con la nueva tecnología de hoy en día habría menos riesgos de fallar en los experimentos, pero estaba cometiendo una grave equivocación, tras varias semanas de trabajar en los experimentos empieza a ver que los resultados van a ser los mismos y inicia a destruir todo lo relacionado con los experimentos…
Un equipo que se hace llamar el equipo por rumore se entera de los experimentos y obliga al profesor Thompson a continuarlos, y como resultado obtienen una criatura extremadamente terrorífica y que traerla a este mundo sería un gran error, pero se dan cuenta de que la criatura no tienes fuerzas suficientes para cobrar vida y junto algunos Pokemón modificados inician a buscar lo que les de tal energía, en medio de su búsqueda crean caos y destrucción, podrán se detenidos antes de que logren culminar su plan??