Queda así porque el script de pantalla doble está elaborada para eso, un viewport más grande, en todo caso, si deseas tener esas dimensiones llenando ese espacio haz lo siguiente:

Ve a Settings y coloca las dimensiones que usarás, sin el script de pantalla doble.
En caso de que la pantalla sea muy grande pero quieras conservar esas dimensiones, ve a main y coloca esto debajo de $game_system:

pbSetResizeFactor(XX)

Donde XX es el factor de redimensión.