YA SOLUCIONE MI PROBLEMA :) PARA LOS QUE NO SEPAN PARA EDITAR TILESET:
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Abrir tileset > Eligen borrador mágico > eligen arriba en la barra la tolerancia a 1 o depende si quieren borrar una cantidad de colores similares de una sola ves le suben el valor > Elegir el nivel de opacidad (transparencia) 100 es borrado completo, 50 es semitransparente > Luego por ultimo ir pinchando los colores que quieren ir eliminando o dejando semitransparentes lo descubri solo tanto insistir :) espero a alguien le sirva