Tenes que entrar al gestor de archivos y de ahi abris la carpeta Graphics/System. Despues nomas tenes que importar el tileset que quieras poner con el nombre del que quieras remplazar: TileA5 (del 1 al 4 son autotiles), TileB, TileC, TileD, TileE.

Pero yo te recomiendo usar el RPG maker XP, el VX es un poco mas limitado en algunas cosas y no tiene tanats novedades. Ademas queyo sepa no hay ningun engine de pokemon para VX.