Bien, ahora te dejaré unas anotaciones:
1º Siempre debes poner #raw 0xFE al final de cada #raw que indica todos y cada uno de los movimientos del mini o los minis en cuestión.
2º Tengo la sensación de que el loadpointer puede ser el culpable del fallo (en parte, aunque está clarísimo que los applymovement paralizan el juego). Por esa misma razón, he preferido cambiártelo por un msgbox (mejor que no te compliques cuando no hay necesidad).
3º Un error muy común es la inercia de muchos scripters de poner waitmovement con asignación al mini 0 (0x0). ¡Pues no! ¿Qué es lo que pasa en tu script? Pues que, como es lógico, tu protagonista se mueve del todo y el otro personaje, no. ¿Solución? Repasarte de nuevo el comando waitmovement: waitmovement 0x(nº mini a esperar). En este caso, pon el nº del mini que tenga más movimientos a realizar.
4º Veo que malgastas flags para desactivar scripts de gatillo. No digo que no esté mal, pero es un método arcaico y poco eficiente (o como a mí me gusta llamarlo, "la caza con lanza", ya que es un método de la Edad de Piedra del Rom Hacking). En lugar de malgastar flags, ¿por qué no pruebas a usar el comando setvar y a especificar en el script de gatillo la variable y el valor a tener en cuenta para la activación de dicho script? Créeme, es más cómodo, puedes trabajar varias veces con la misma variable y, además, ahorras flags (que puedes emplear para hacer desaparecer minis, por ejemplo). Sobretodo no olvides esto, las variables no muerden.
Saludos.