yo estoy 100% seguro de que es con YAPE como te dijo javi porque yo ya lo hice y me sale el nombre.

Primero, cuando tienes abierto YAPE, cargas la rom. Despues, donde pone "pokemon selection", sale "name" y el nombre de un pokemon. Supuestamente te saldra bulbasaur porque es el primero de la pokedex, y sus evoluciones. Vas a elejir houndoom. Abajo de todo pone: "Rename pokemon" y mas abajo "new name" y "houndoom". Pues donde pone houndoom le cambias el nombre y ya está. Quando acaves no olvides guardar! Esta herramienta tambien sirve para cambiar las caracteristicas del pokemon, las habilidades, objetos que lleva, tipos, descripcion de pokedex, movimientos, evoluciones y probabilidades de captura.

Espero haberte ayudado :D