Eso a mi también me ha pasado algunas veces hackeando ruby (en fire red no). Creo que se debe a que usas el color de la transparencia (en tu caso negro) y por eso se ve así en el juego.

Prueba a poner el negro que saques de algún tile en cualquier paleta pero que no sea de transparencia.

En fin, si te sigue dando problemas o cualquier cosa, vuelve a postear ;D