Eso pasa porque tiene las paletas originales. Con el NSE sólo puedes cambiar lo que es la "forma" del sprite, pero no las paletas. Cambiado esas paletas estás cambiando las paletas del minis. Para que salga bien tienes que modificar las paletas con APE.

El mini se seguirá viendo mal, así que yo te recomendaría que le cambiaras de la paleta 0 a la 1 y lo cambies o le ajustes las paletas.

Saludos!!