Puedes usar las variables (al menos yo las uso) 4000 hasta la 5000, claro, recordando que estan en Hex, es decir: 4000, 4001, 4002, ..., 400A, 400B, 400C, etc...

En cuanto a lo de tu script...
Lo que quieres hacer es...

Entrar al laboratorio donde no hay nadie.
Tomar una Pokéball
Al intentar salir aparece el profe de la nada.
Una vez que apareció, que al entrar de nuevo siempre esté ahi.

Bien, para que el profe "Aparezca y desaparezca" debes usar un Script de Nivel, yo, isn embargo no te lo explicaré porque es algo que aún no domino al 100%. Pero sí te puedo decir algo más: En el Script de nivel debes comparar que X var tenga X valor, si lo tiene el profe estará ahi, si no la tiene no estará.

Tomar la Pokéball, en este Script deberías activar una variable.

Luego debes hacer un gatillo que se active solo si la variable de la pokéball ya se activó. Aqui le cambias el valor nuevamente para que no se vuelva a ejecutar. Haces el applymovement y todo eso...

Finalmente, al salir del lab y volver a entrar el profe seguirá ahi porque el script de nivel ahora cumple la condicion impuesta (que la Var x tenga X valor)

Siento mucho si no soy claro o si te mereces unos ejemplos, pero creo que con esto puedes lograrlo.

Ah y otra cosa: en el mini del profe, en las propiedades donde dice ID de persona debes agregar una Flag, la que quieras siempre y cuando no la uses para nada más. Si no lo haces el mini no desaparecerá.