Es sencillo, pero complicado a la vez, porque con el tutorial que me dió Boo se lía un poco al utilizar la consola cmd o.O

Como al principio el tuto en inglés no lo entendía lo copié a un archivo en WORD y ahi paso a paso lo traduje. Si quieres verlo aqui está: aqui
Y necesitas el thumb.bat también: aqui

Si tienes algun problema me dices :D
(Ya sé que apenas aprendí pero es que es tan emocionante!! xD)

Lo mas lioso es cuando abres el cmd.
Yo tuve que poner:
CD ../../ (para regresar al directorio C:\) (CD significa Change Directory y ../ significa ir atrás)
luego
CD D: (porque mis archivos estan en otro disco duro)
Después entré hasta mi carpeta donde está el mid2agb y mis archivos s
CD ruta\del\mid2agb
y ya que me llevó hasta donde están mis archivos bin y el thumb.bat
thumb.bat track1.s track1.bin Para pasar los .s a .bin