Lo que ocupas es el Overworld Editor u Overworld Changer, lo puedes descargar en Wah!
Lo descargas, lo abres y cargas tu ROM, por ejemplo: Pokémon Emerald.gba
La ventana del programa se verá así:
Ahi puedes exportar e importar los minis en formato .bmp, para importarlos deben estar indexados (16 colores) y tener las medidad del mini original a reemplazar.