Claro que puedes borrar todo un tileset y armarlo de 0 tú..
Pero siempre respetandoas animaciones que hayan, si no luego ocurren los inesperados bugs donde en tiles in game salen animaciones tocapelotas! (Que luego te toca borrar por cierto y luego te cuenta de que te serian utiles y las has de volver a insertar o te das cuenta que es mejor reutilizar puertas y editarlas a crear nuevas..)
En fin que me enrollo como las persianas, lo cierto es que lo mejor que puedes hacer es borrar todo el tileser dejandolo con el color de fondo menos los tiles que son anikaciones, y a partir de ahi pegar tus tiles y ya esta (pero ya recoloreados para insertar eh?)
Asi podras usar el maximo espacio disponible y no dejarás ningun hueco libre. (Ahora no edtoy en casa, pero cuando este te enseño mi primer tileset y veras que no hay ni un puto espacio de 8x8 libre..