No, no se pueden eliminar mapas así como así, habria que ir al HxD ver cuanto ocupa, editar los punteros y blabla, es mucho mas cómodo dejarlo por ahi como si nada

Respecto a ordenalos... Eso depende de como tengas el ADvance Map para que te muestre los mapas.

En mi caso, si me sobran mapas en el pueblo o ciudad, los sobrantes, les cambio el nombre a CELADON DEPT. guardo, cierro el a-map, lo vuelvo a abrir y ese mapa ya esta en la carpeta CELADON DEPT. y ahi los almaceno hasta que les encuentro un uso.