Tio no es para tanto pasar las cosas a una ROM limpia, los minis se pueden extrar en grupos, los tilesets, bloques y mapas, se pueden exportar e importar sin problemas, es super sencillo y rápido. Los scripts los puedes sacar como pointers refactorizando (es una de las opciones de descompilacion del XSE, busca) y volverlos a compilar sin tener que modificar nada en la ROM limpia.
Si tienes alguna rutina, se inserta facilmente en cualquier lado, no tiene perdida.
Lo único que veo así un poco coñazo de hacer es volver a meter los sprites, midis, backgrounds o la portada. Fuera de eso, el resto esta mamao pasarlo a una ROM nueva sin que te lleve mas de una hora. (a no ser que lleves ya 6 ciudades, 4 pueblos y 14 rutas, que entonces tardarás mas, pero es lo que hay XD)