1. Creo que eso se hace poniendo dos applymovement consecutivos, por ejemplo:

applymovement 0x0 (O sea el prota)
applymovement 0x2 (Supongamos, Profesor Oak)
waitmovement 0x0
waitmovement 0x2

2. En el tutorial de Ciro explica como desvanecer, invisibilizar y desactivar un mini, lo que debes hacer para que eso pase es desvanecerlo y desactivarlo, así ni bien se termina de ejecutar el script se va, y no vuelve a aparecer cuando te movés o cuando te vas de la pantalla y luego regresás.