Esto es recomendación propia.
1)Empieza por los mapas

2)RPG Maker(pokemon essentials),porque tiene menos limitaciones,y si ves WaE 3.0 verás que(Aunk para ello debes saber programación)se puede hacer de todo.

3)photoshop es mejor para editar pero para juegos no se cual es mejor de utilizar

4)Si

5)Si,pero todos tendran el mismo.
[Sin Embargo]En RPG Maker(Yo lo are para mi hack)Al añadir al huevo de manaphy,se añadio el soporte para que cada poke tenga su propio huevo.
Las imagenes se llaman ???egg.png ???es el numero nacional del pokemon
Es muy simple.

Gracias de antemano

PD: ¿empiezo por GBA, no?