Tal y como veo la situación, yo que tú cogería un rom limpio, le aplicaba el parche de Moemon, guardaba los sprites indexados con alguna herramienta indicada para ello y los insertaba, uno a uno, en el rom al que aplicaste el otro parche. Por otro lado, es posible hacer este trabajo con un editor hexadecimal, así que elige el método que consideres más eficaz y cómodo.