A bueno pues mira esto no es nada del otro mundo (si creo que es lo que es)...Fijate que al insertar una nueva paleta el editor de paletas de AM tiene valores fijos tanto en Azul, Verde y Rojo como 80 ,88 ,etc. que no los cambias aqui viene el problema cuando insertas un tile y este tiene colores parecidos pero no exactamente iguales este cambiara cuando los coloques en el tilset en el rom...ya que no son los mismos colores y el AM pondra otras por defecto...intenta que las paletas de tu Tile sean exactamente iguales que las que pones en el AM...

espero se entienda...