Estás seguro que no has escrito ni compilado nada entre que has compilado y descompilado? Porque estos problemas no tienen nada que ver con si el ROM está jodido o no, como mucho pueden ser problemas de la herramienta que estás usando para meter los scripts (XSE supongo).

EDIT: Añado:
¿De dónde has sacado ese dynamic tan feo? Usa 0x800000 mejor.
Aquí el problema está en que se están sobreescribiendo partes del script con cosas que no debería.