Yo no creo que el error tenga nada que ver con el repunteo. Tiene que ser que has puesto los tiles con otros colores diferentes a los de la paleta que has metido en el rom. A lo mejor se te han cambiado un poco por algún motivo y ya no coinciden con los que tienes que usar (aunque sean casi iguales).

Puedes probar a recolorear el tile a mano cogiendo el color directamente del tileset exportado para que sea seguro el que tienes que usar. Hay alguna forma más rápida si la cantidad de tiles con problemas es grande, pero para un par de tiles lo más fácil es a mano.

Un saludo!