Siempre puedes hacer esto: http://wahackforo.com/t-16901/gba-otros-bbcode-arreglando-rom-cosarara97
De todos modos, me parece que el problema está en que el parche de JPAN no es compatible con tu tabla ampliada. Ese parche hace que el juego permita más de 60000 OWs (algo me dice que exactamente 65536 :P).