Vas a los scripts los pones en blocs de notas, pero al insertar después en la base española,
tendrás que cambiar el offset y demás cosas que no son específicas de la otra ROM.
Aún así es mejor traducir a mano.
Cualquier versión de GBA de Pokemon es compatible, excepto mundos misteriosos y del mismo género y los Pokemon Pinball.
EL Emerald Español es compatible pues claro.
Pero la compatibilidad con otras herramientas como PKSV y otras pueden no dejarte usarla.
Por eso al traducir una ROM tendrás más compatibilidad al ser inglés y no español además de ahorrarte la tarea de copiar y editar los scripts, paletas, mapas...
Por cuierto que te ha parecido la explicación?
Solo por saber.

PD: Estuve buscando dudas no resueltas para ayudar a gente como tu y otros que tienen dudas y nadie las responde.