Veamos, [MENTION=26309]Jo7ika Jr.[/MENTION] esta almorzando ( menudas horas xDD) asi que puedo ayudar yo...

Para las medallas, recuerdo que estaban en NSE, en un bookmark, como dice GOLD.
Asi que lo buscas, le das a open, y ahí lo puedes ir cambiando poco a poco.
Seleccionando la paleta que quieras.

Los iconos de objetos, como dice mrcpkmn puedes usar GBA item editor, y sustituir, o importar los que hay dentro de la ROM.

Blax subio un tuto y una carpeta con los items de diversos juegos de pokemon, aqui te los dejo:
http://wahackforo.com/t-26236/gba-otros-crear-nuevas-piedras-evolutivas-sin-sustituir-desde-cero-cualquier-rom-3-gen

Dentro del mismo tutorial, esta el link de los iconos.

Espero haberte ayudado :D