Bueno, no se nada de esos bugs, pero tiene un par de soluciones muy sencillas:

• Hacer los mapas en una Rom y luego pasarlos a la Rom del Hack (Tengo un tutorial sobre ello)
  
• Tener copias de seguridad de los mapas
  
• Planear bien el tamaño de los mapas
  
• Cada cambio que realizes en el hack comrpobar que funcione bien todo, menus, tiles, combates, etc...