Creo que eso se debe a que hay eventos que, al cambiar el tamaño del centro Pokémon, se quedaron fuera del rango... Si cambiaste el tamaño del centro debes volver a extenderlo y borrar/mover los minis que están en el espacio en negro... Si no, pues no sé xD
No se pueden borrar los mapas, puedes ocultarlo cambiandole el tamaño de 1x1 y mantenerlo oculto, pero por lo que sé, no se puede
Saludos!