Es muy fácil de hacer:

1º: Inserta la rutina de los pokes shinys con la herramienta Shinizer

2º: En el script del trainerbattle, tienes que poner lo siguiente:

Setvar 0x8003 0xYY0X3º: En YY son los pokes shinys del entrenador y X la cantidad de pokes que tiene (independientemente de los que sean shinys)

Si tiene 6 pokes en la X pones 6, si tiene 4, pones 4, fácil.
Para saber lo que poner en la YY es muy fácil. Pon un 0 por cada poke que tenga el entrenador, en mi ejemplo tendrá 6:

000000

Ahora, siendo el primer 0 el 1º poke, y el ultimo 0 su ultimo poke, pon un 1 en los pokes que quieres que sean shinys. Yo quiero que sean shinys el 2º poke y el ultimo, quedaria asi:

010001

¿No te parece eso un nº binario? Pues pasalo a HEX (010001=11) Y ese 11 es lo que hay que poner en las YY.

*RECUERDA: Es un nº binario, no decimal. En la calculadora de tu PC activa la opción "Bin".

¿Más info? Mirate éste tutorial y despeja las dudas que te queden tras mi mini-tuto.