Creo que hay un detallito que no te han dicho y es que a la hora de crear la raw en NTME, si es el mapa que es tu caso, donde dice paleta, tienes que poner la paleta número 16, ojo numero 16, no se decirte porqué, pero eso me pasaba a mi cuando hackeaba en pokemon ruby, eso tambien pasa con los background de batalla que si no le pones la paleta numero 2 encima del back se ve mal en el juego.

Espero que ese sea el problema para darlo como solucionado XD.

saludos:D