Yo pude cambiar tres colores sin que se notara mucho pero igualmente tuve que cambiar colores de la Tbox.
Lo mas sencillo pero chapucero es dejar la vs bar con colores que sean parecidos a la box.
El fondo del tbox esta en negro por uno de los colores de las barritas de encima y debajo de la bar,
si lo pusieras en blanco la bar quedaría parcialmente cambiada y el box estaría bien.
Solo que uno de los colores de las letras se volvería azul y la flechita roja quedaría negra pero mas o menos quedaría bien.
EDIT: Si en vez de 100 en el trainerbattle pones 200 la bar tiene otras paletas, 300 otra mas, y así hasta 2000.
Así es como en la elite four hay un color para cada combate. Se debería encontrar una de esas paletas y cambiarla.
Yo conseguí cambiar la VS Bar cambiando la paleta de los arboles en vez de la del Tbox con 400 creo o 300 en el trainerbattle.