1.- ?La portada tiene el color transparente como primero en la paleta?

2.- Si tiene el color transparente, ¿al hacer el rompecabezas has mirado que este también lo tenga?

Lo digo porque como el color transparente no sale en la imagen al hacer el rompecabezas y eliminar los tiles repetidos este lo elimina.
Y al no haber color transparente suele suceder eso. Te recomiendo que una vez ayas echo el rompe cabezas abras la portada
y el rompe cabezas en paint, copies el rompecabezas y lo pegues encima de la portada.
Una vez echo esto lo guardas sobrescribiendo el rompecabezas y ya esta, haciendo esto tendrás el rompecabezas
con las mismas paletas que la portada y se indexaria al mismo tiempo en caso de no estarlo.
Y de este modo se debería solucionar, o al menos a mi se me soluciono así cuando me apareció el fuego encima como a ti.