Creo que, con un poco de imaginación, en un script con WildBattle, puedes poner un compare a una variable... (pero no recuerdo en estos momentos cual era :S) para saber si capturaste o derrotaste al pokémon en sí, si lo capturaste que te pregunte si le queres dar un mote, y luego te lo mandará a la caja si tienes el equipo lleno, pero acá podes agregar una pregunta si queres mover pokémons desde la caja, le pones que si y llamas a la rutina que te manda a la PC de Aredia.

Pero para hacer todo ésto necesitas:

Saber Scripts
Encontrar esa Variable (puedes buscar entre los scripts originales del Ruby)
Encontrar el Offset que te manda al PC (Por el foro andaba algun dato y si no deberás buscarlo por ti mismo a partir de los textos)


Te deseo mucha suerte!