Puedes abrir el .INI del programa y cambiar el offset asignado para el repunteo, ahora mismo no sabría decirte cuál, hace tiempo que no cojo un rom, pero la respuesta está ahí (es lo que hice con el .INI de mi .exe, si no recuerdo mal).

Editado: He abierto el .INI de mi .exe del Advance Map, indícame qué rom base empleas para indicarte en qué zona se encuentra el offset que debes sustituir.