Pueden ser varias cosas. Primero: Asegurate de que no hayan scripts de nivel "Setilemap" o "Setmapfooter". Para esto elimina esos scripts.

Segundo: Es posible que el cambio se deba al cambiar de mapa (por ruta), ya que el otro no tiene los mismos tiles que el primero, puedes solucionar esto poniendo el mismo tileset en ambos o mapear con el mismo tileset primario hasta una distancia algo grande que de tiempo de cargar los nuevos tiles.