Solo es una idea, eh? Pero ¿y si copias la parte de la RAM donde se almacena la información del equipo y luego restauras esa copia? Dependiendo de como podría haber problemas a la hora de guardar/continuar partida, pero también puedes hacer lo mismo con la SRAM. Ya lo se, suena difícil, pero quizá en pokécommunity tienen algo de investigación al respecto.

EDIT: Pensándolo mejor... no es difícil, tío, son un par de specials y el misterioso comando 0xC3: http://wahackforo.com/98107-post9.html