Bueno, como veo que este tema no está cerrado, yo estaba interesado en el, espero que el creador tambien (y algun que otro user) y he descubierto como resolverlo sin usar ASM, lo revivo, para resolver la duda.

El proceso es bastante sencillo y se divide practicamente en 3 apartados, el caso es que en el apartado 3, hay 2 opciones,
1ª-.: Quedarte sin pokemons (en el equpio), que es la que he probado yo
2ª-.http://wahackforo.com/t-pokemon-especifico-script-de-takepokemon-v2-0-a[/URL]

Así que te explico:
1- Dentro de un script, copiaremos los datos de nuestro equipo pokemon, para ello usamos el Special 0x027. Este comando hará todo el trabajo.

2- Ahora es cuando eliminaremos al equipo, recuerda que si quieres dejar uno, tendras que usar el takepokemon del tuto de Javi4315. Para eliminar al equipo, usaremos el Special 0x0EF.

3- Para terminar, en el script que quieras que te devuelvan a tus pokémon tal cual estaban cuando los perdimos en el paso 1, usaremos el Special 0x028

Sencillo ¿Verdad? Lo unico malo sería que la experiencia que ganase ese pokémon si hicieses combates, la perdería. Pero bueno, con esto y el script de la guardería te las puedes apañar muy bien para conseguir el efecto perfectamente.