La solución que tengo en mente es:
1º Abrir editor hex (recomiendo HexWorkShop).
2º Abres una copia de seguridad en la que no hayas sobreescrito
3º Te diriges hacia el offset en cuestión
4º Por otro lado, abres el rom con el problema, también te diriges hacia ese offset
5º Sólo te queda reemplazar los bytes problemáticos por los bytes originales
6º Luego asegúrate de buscar un offset principal que no dé problemas
No se me ocurre nada más, aparte de coger una copia antigua, claro.