Bueno si no recuerdo mal había una tool que servía para cambiar la posición inicial del protagonista en el mapa al empezar una partida. Creo que se llamaba SMCA (Start Map Chooser Advance) y te servirá de mucho. Ahí abres tu ROM de FR, seleccionas el banco y el nivel del mapa adonde quieres empezar (eso lo puedes mirar con el AdvanceMap) y luego eliges la posición X (hor.) e Y (vert.) que coincida en donde está la cama.

Ya luego puedes configurar un script de gatillo con el XSE y ponerlo con el AdvanceMap justo donde empieza el prota.
Un saludo!

EDITO: Como dice HollowRoxas abajo, es mejor poner un Script de nivel en vez de uno de gatillo, ya que no se puede poner justo debajo del protagonista al principio ;)