No se en cual rom trabajas pero tienes que trabajar bien con los tiles, creo que no hace falta remplazar los tiles, simplemente cambias los tilesets del advance map y trabajas con los ya existentes.

Si lo has cambiado puede que hayas agregado tiles en tilesets en los que no se pueden trabajar y no se vean bien en tu hack.

Si el error es porque se congela la pantalla y no te puedes mover (y ademas se venmal loos tiles) lo mas probable es que sea un script que no estebien.

Pero tu duda es como convertir un interior de una casa en una cuevasimplemente cambia los Tilesets de Advance Map por el tileset correspondiente a la cueva. Saludos!