Eso es porque, en el tileset, has puesto uno de los tiles nuevos en el lugar de la trasparencia. si te fijas en un tileset sin modificar, los primeros dos casilleros de 8x8 estan en negro, esos son los de la trasparencia. Ya se que en el A-Map se ve bien, pero si recargas los bloques se vera como el juego.
Al poner un tile en el tile de trasparencia, todo lo que deberia ser transparente y que va arriba de los tiles verdaderos se convierte en ese tile celeste.