Vamos a ver si lo he entendido bien, tú lo que quieres hacer es que el script de gatillo no se repita, ¿cierto? Pues te diré lo que tienes que hacer:

En la ventana del Advance Map, hay un cuadro que aparece al lado de la frase "Valor de Var". Pues bien, ahí debes asignarle un valor de variable (puedes poner "1", "2", "300", pero que sea distinto a "0000"). Por otro lado, en tu script de gatillo, debes emplear el siguiente comando con estos parámetros:

setvar 0x5040 0x1

Para hacer desaparecer a Regirock necesitas usar un setflag y asignarle al mini dicha flag (luego puedes usar un comando hidesprite para inactivarlo para siempre).

No te enteras de nada, ¿verdad? Es comprensible, eres muy inexperto y estoy seguro de que no te has leído los tutoriales que hay por el foro. Verás, en este sitio se piden scripts, no se resuelven dudas y tampoco se crean tutoriales para cada consulta. Te recomiendo que entres al subforo de Tutoriales, te vendrá muy bien, estás muy verde (para que lo entiendas, todavía te hace falta aprender muchas cosas). Por último, voy a mover este tema a Dudas de Hack Roms.

Postdata: He tratado de escribir de la forma menos confusa posible para tí.
Postdata 2: En este foro tratamos de ser comprensivos con aquellos que piden ayuda, pero seremos más eficientes si nos expones el problema en algún lenguaje que dominemos (español o inglés, no en ruso, checo, portugués, ...). Te agradecería que plantearas tu problema en inglés, porque no hay quien te entienda (yo al menos no sé si te he entendido bien)...
Postdata 3: Seguiré diciendo que el subforo de Pedidos de Scripts es toda una ofensa para aquellos scripters que nos hemos esforzado al máximo para aprender y para hacer tutoriales entendibles.