[QUOTE="Aaron"]Para eso se usan las Flags (si no es eso explicate mejor, que cuesta entenderte), para ello busca un tutorial de scripts (antes de preguntar, buscalo).[/QUOTE]

Correción.. xD

Bueno, es muy simple. Para ello, has de usar una flag, que active a Groudon después de derrotar a Kyogre.
Por ejemplo, haces un script de lucha contra un Kyogre, al final del script, pones un setflag 0xflag.
Después, en el de Groudon, pones el checkflag 0xflag. Y si está activada, pues que produzca el script de lucha contra Groudon. Si no lo está, que no suceda nada.

Para el uso de las flags, puedes mirar en la Wiki de WaH, en la sección scripts. Ahí verás los de usar flags.
Espero que te sirva y si no entiendes el uso de las flags, pregunta tu duda sobre ellas, y te la responderé yo o quien sea.
Pero bueno, a mi me ha costado saber tu duda, como dice Aaron, has de explicarte mejor, ok? ^^
Un saluder! :D