tutiliza de 4050 para arriva en flags.
Mira cuando empieces el script tienes que poner el comando checkflag 0x(flag)
Y acontinuación if 0x1 goto 0x(offset al que va en caso de que este activada)
Y despues- if 0x0 goto 0x(offset al que va si no está activada). Te pongo un ejemplo.

0xoffset principal
lock
checkflag 0x???? (comprueba si la flag está activada)
if 0x1 goto 0xoffset2 (Si está activada te lleva a ese offset)
if 0x0 goto 0xoffset3 (Si no está activada te lleva a ese offset)
release
end

0xoffset2
msgbox 0xoffset (Mensaje que dirá si ya te ha dado el pokemon)
callstd 0x6
release
end

0xoffset3
msgbox
callstd 0x6
givepokemon (lo que harías para uqe te diera el pokemon)
setflag 0x???? (Aquí en ???? pones un numeor de flag, lo que hace es activarla, cuando vuelva empezar el script y se compruebe que la flag está activada en vez de ir al offset donde te entrega el pokemon, irá al offset donde solo dice el texto.)
release
end

bueno, espero que lo hallas entendido.