Si tienes tanto miedo de que se te fastidie el juego, puedes coger el INI del Advance Map y cambiar el offset donde se guardan los cambios. En mi caso, he expandido el rom y todos los nuevos cambios los guardo en los nuevos offsets.

De todas formas te recomiendo que tengas mesura a la hora de aumentar o disminuir el tamaño de los mapas.