No entiendo muy bien la duda, pero para insertar un mini y que te salga con las paletas bien, debes hacer el mini en Paint.

Después buscas en NSE el mini que quieres cambiar, y le das a : File->Import->Import bitmap.
Te saldrá una ventana, y le tienes que dar a Load, seleccionas tu mini(ha de estar en 16 color bitmap) y despues, en donde pone "Image" (al lado de save) pones "All" y le das a save.
Después solo tienes que darle a File->Save y se te guardará el rom.

Espero haber ayudado.